Σταθερό σύμμαχο του Οικουμενικού Πατριαρχείου και αληθινό υποστηρικτή της Ορθοδοξίας αποκάλεσε τον Πάπα Φραγκίσκο ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος με αφορμή την εκδημία του.
Ο Παναγιώτατος στο μήνυμά του έκανε ξεχωριστή μνεία στη σημαδιακή κοινή τους εμφάνιση στα Ιεροσόλυμα το 2014, ενώ δεν παρέλειψε να αναφερθεί με λύπη στο γεγονός ότι δεν τους δόθηκε η ευκαιρία να τιμήσουν μαζί την επέτειο της Συνόδου της Νίκαιας, ούτε να «συζητήσουμε την πορεία για το Κοινό Ποτήριον».
Ο κ. Βαρθολομαίος καταλήγει ωστόσο λεγοντας, «Αιωνία σου η μνήμη αδελφέ Πάπα Φραγκίσκε. Θα σε θυμόμαστε πάντα».
