Από την Παναγία Καλυβιανή και τα ορφανοτροφεία της Μεσαράς έως την πολυετή εκκλησιαστική του διακονία, το έργο του Αρχιεπισκόπου Κρήτης Τιμοθέου θυμήθηκαν κλήρος και πιστοί στο μνημόσυνο για τα είκοσι χρόνια από την εκδημία του.
Η Πολυαρχιερατική Θεία Λειτουργία τελέστηκε την Κυριακή 26 Ιουλίου στο Ιερό Ησυχαστήριο της Αγίας Φωτεινής, στα Ελληνοπεράματα. Στον Όρθρο χοροστάτησε ο Μητροπολίτης Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Πρόδρομος, ενώ της Θείας Λειτουργίας προεξήρχε ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης Ευγένιος.
Συλλειτούργησαν οι Μητροπολίτες Αρκαλοχωρίου, Καστελλίου και Βιάννου Ανδρέας και Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Πρόδρομος, καθώς και ο Επίσκοπος Κνωσού Μεθόδιος, με τη συμμετοχή ιερέων, διακόνων και πλήθους πιστών.
Πριν από την απόλυση, ο Μητροπολίτης Αρκαλοχωρίου Ανδρέας αναφέρθηκε στην πορεία του Αρχιεπισκόπου Τιμοθέου, από τη γέννησή του το 1915 στο Γαβαλομούρι Χανίων και τις σπουδές του στην Αθήνα έως την εκλογή του, το 1956, στη Μητρόπολη Γορτύνης και Αρκαδίας.
Ξεχώρισε το κοινωνικό έργο που αναπτύχθηκε στη Μεσαρά, με την ίδρυση της Παναγίας Καλυβιανής, ορφανοτροφείων και γηροκομείων, τα οποία στήριξαν παιδιά και οικογένειες στη δύσκολη μεταπολεμική περίοδο και στα χρόνια της μετανάστευσης.
Η αναφορά του επεκτάθηκε στον σεβασμό του Τιμοθέου προς τον προκάτοχό του, Αρχιεπίσκοπο Ευγένιο Ψαλιδάκη, στη σταθερή προσήλωσή του στους θεσμούς και στις σχέσεις της Εκκλησίας Κρήτης με το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Μίλησε ακόμη για την ανεξικακία, τη συγχωρητικότητα και το κηρυγματικό του χάρισμα, καθώς και για τους μετέπειτα Αρχιερείς και κληρικούς που είχε χειροτονήσει.
Ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης Ευγένιος αναφέρθηκε στη συνέχεια σε μια προσωπική του ανάμνηση από την 26η Ιουλίου 2006. Όπως είπε, εκείνη την ημέρα τελούσε τη Θεία Λειτουργία ως Επίσκοπος Κνωσού στον ναό της Αγίας Παρασκευής, στο Καμαράκι Ηρακλείου, όταν ενημερώθηκε για την υποτροπή της υγείας του Αρχιεπισκόπου Τιμοθέου και τη μεταφορά του στο νοσοκομείο, κατά τη διάρκεια της οποίας εξέπνευσε.
Κάλεσε τους πιστούς να διατηρούν τη μνήμη του με αγάπη, καθώς, όπως υπογράμμισε, «αγάπησε την Εκκλησία και τον άνθρωπο όσο τίποτε άλλο στη ζωή του».
Μετά το τέλος της Θείας Λειτουργίας, Αρχιερείς, κληρικοί και πιστοί κατευθύνθηκαν εν πομπή στον τάφο του μακαριστού Αρχιεπισκόπου, στον προαύλιο χώρο του Ησυχαστηρίου, όπου τελέστηκε Αρχιερατικό Τρισάγιο.
